海洋科学学院利用E研究院、海洋环境工程市教委重点学科和捕捞学市重点学科项目资金，引进了美国高水平海洋研究团队，于2008年筹建海洋生态系统与环境实验室。实验室配备了高速计算机集群集群（以满足对全球模式的计算要求）和大约400平方米工作室。并按海洋观测、海洋模型与动力学和海洋生态三个紧密相关的研究方向成立了水动力与工程、海洋数值模型、海洋生态与工程三个课题组。
实验室研究工作的近期目标是以全球海洋生态过程为出发点，发展一套实用于全球海洋环境与渔业资源研究、评估、管理的综合观测与模型相结合的科学系统。中长期目标是逐步形成与海洋局和渔业局系统开展海洋环境与生物资源的监测调查与技术服务，与中科院系统的海洋、大气、生态等研究机构开展科学研究的国内合作格局；关注中国近海与外海的物理与生态过程，并针对黄渤海、东海、南海不同的特点，围绕其海洋过程及国家对海洋资源权益和生物生态安全等的战略需求，分别开发高精度嵌套模型；致力中小尺度的近岸局部典型海域的生态系统，形成我国浅海研究的中心；积极参与南极海域生物资源调查与研究，积极推动并参与我国的北极研究计划；最终建立全球、区域、陆架、近岸、以及河口嵌套的多尺度的物理、生物、渔业模型系统、以达到对全球气侯变化对中国近岸渔业资源影响的科学认识，从而为海洋开发、资源利用等区域经济行为的可持续发展提供科学依据。
海洋生态系统与环境实验室成功建立将极大丰富海洋生态与环境的研究手段，能对近海和大洋生态环境进行动态、实时、由点到面的全方位监测与预测，对提升我院科研实力和水平，拓展科研领域和科技服务业务范围，丰富教学实践内容等都有十分重要的意义。实验室以“科技兴海”为发展战略，积极投入国民经济建设主战场，愿为学校和地方经济的腾飞作出积极的贡献。
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